Para encontrar el origen de la Iniciativa de Microjusticia debemos remontarnos al año 2001. International Legal Alliances (ILA), una organización holandesa que trabajaba por aquel entonces en los Balcanes, se percató de la apabullante necesidad de encontrar soluciones transfonterizas para problemas jurídicos y administrativos de los refugiados. Para ello, ILA creó una red de abogados y voluntarios a ambos lados de las fronteras dispuestos a ayudar a recuperar los documentos de los refugiados Serbios que salieron de Croacia durante la guerra. Estos no tenían documentos válidos, pues no pudieron pasar la frontera para arreglar sus papeles en sus lugares de origen. De esta manera se consiguió que los documentos de los refugiados Serbios pudieran ser solicitados en Croacia utilizando los poderes firmados por los refugiados y compulsados por un juzgado Serbio. Pero además ILA trató alrededor de 500 casos legales a través de la red de abogados, escribió informes dando publicidad al tema y realizó acciones de lobbying en diferentes niveles políticos.

Sin embargo, la idea final de ILA era conseguir institucionalizar y extender  este servicio por todo el país haciéndolo sostenible a través de la contribución de los interesados. Además quería solucionar otras necesidades legales observadas, que eran bloqueadas en Croacia. De esta forma se podría ofrecer un servicio autosostenible en el tiempo y extenso en el territorio Se intentó buscar entonces un modelo de servicio que cumpliera con estos requisitos y que al mismo tiempo pudiera iniciar su andadura recibiendo una pequeña donación.

En busca de estas respuestas, ILA  conjuntamente con la organización española “Movimiento por la Paz, el Desarme y la  Libertad” organizó en Madrid el 10 de Mayo del 2006 una Mesa Redonda bajo el título: “Derechos para Todos; ¿es el acceso  a los derechos un artículo de lujo?” con el patrocinio de la Embajada de los Países Bajos en España y la Agencia Española de Cooperación Internacional. El propósito del encuentro fue debatir, reflexionar y encontrar un método eficaz para hacer posible el acceso al disfrute de los derechos de las personas marginadas y victimas de los conflictos.